Le Bureau de l’AFAPDP est composé des représentants de cinq autorités. Ils sont élus pour un mandat de 3 ans. La dernière élection a eu lieu le 23 septembre 2016 lors de la 10ème Assemblée générale de l’AFAPDP à Ouagadougou. La Direction « Affaires politiques et gouvernance démocratique » de l’Organisation internationale de la Francophonie est représentée à titre d’observateur au sein du Bureau.

 
Président
Préposé fédéral suppléant à la transparence et à la protection des données - Suisse
Vice-Présidente
Présidente de la Commission de l'informatique et liberté - Burkina Faso
Vice-Président
Président de l'Instance nationale de protection des données personnelles - Tunisie
Secrétaire générale
Présidente de la Commission nationale de l'informatique et des libertés - France
Vice-Président
Vice-Président de la l'Autorité de protection des données - Belgique